こんにちは。初めて質問させていただきます。独学で植物生理学を勉強しているものです。
高校の教科書には、カルビン・ベンソン回路上に位置する物質の濃度が明暗切り替え（CO2濃度は適正値：光照射状態から暗黒への切り替え：材料は藻類）によってどう変化するかという実験があるのですが、結果の解釈が上手く出来ず悩んでおります。

明暗切り替えの結果とし、RuBP（リブロースビスリン酸）の濃度が減少して検出不可能になり、3PG（3-ホスホグリセリン酸）の濃度が一時的に増加し、やがて減少して一定の値（照射条件下の場合より高濃度）に至るという形のグラフです。

教科書や授業における一般的な説明では、暗黒下では光リン酸化反応によるATPの合成が停止するため、生成にATPを必要とするRuBPの濃度は減少し、消費にATPとNADPHを必要とする3PGの濃度は増加するということになっております。しかし、暗黒下でも解糖・呼吸によるATP合成は行われている筈であり（むしろ、フェレドキシン/チオレドキシン（Fd-Trx）系によるPFK阻害が消失し、ATP生産能は向上する筈？）、説明になっていないと思われます。

この場合、カルビン・ベンソン回路の照射光レベルの低下に応じた酵素活性制御について、Fd-Trx系,ストロマのpHやg2+濃度,光化学系の反応停止に伴う局所的なO2濃度の低下による光呼吸の抑制があると考え（CCM制御は遅いものと考えました）、この考えに基づいて以下のように解釈を試みてみました。

（現象１）RuBPの濃度が減少し、検出不可能になる：
光呼吸が抑制されることによってRubiscoカルボキシラーゼ活性が上がり、RuBPの消費が勝るために減少、後にFd-Trx系によりホスホリブロキナーゼが不活性化してRuBPの供給が停止し、Rubiscoに結合したものがFd-Trx系による不活性化のためRubiscoアクチベースにより解離させられなくなり消失する。

（現象２）3PGの濃度が一時的に増加する：
光呼吸の抑制によってRubiscoカルボキシラーゼ活性が上がって3PGの生産が増加し、続いてFd-Trx系によりGAPデヒドロゲナーゼが不活性化してGAPデヒドロゲナーゼの発エルゴン性との共役が崩れ、ホスホグリセリン酸キナーゼの解糖と同方向の反応が優位になり、3PGが蓄積する。

（現象３）その後3PGの濃度が減少し、やがて一定濃度になる：
3PGの蓄積により、2PG生成側に反応が進むようになり、3PGの濃度は減少し、暗黒下でFd-Trx系によって解糖が促進されたことで照射下より高濃度で一定値になる。

しかし、問題は前述三点のメカニズムが消光後どれぐらいのタイムスケールで働くのかということで、推測として光呼吸の抑制・Fd-Trx系の作動・pHの変化・Mg2+濃度の変化の順としているのですが、あまり正しい解釈になっている気がしません。また自分が知らない制御機構があったり、各代謝経路の需要関係や制御具合の理解が足りないという点も多くあると思われます。
ご回答よろしくお願いいたします。

（参考書）
ヴォート生化学（第5版）pp.723－724
テイツザイガー植物生理学(第3版) pp.147-149