保井コノ賞は、保井コノ博士の日本の大学初の女性理学博士としての生命科学研究への貢献と業績を讃えると共に、女性研究者の活躍を願って設立した賞で、お茶の水女子大学賞の1つとして位置づけられている。

本賞は、日本の生物科学の黎明期から革新的な研究を展開するとともに、本学及びその前身校において数多くの女子学生を育てた保井コノ氏の遺志が若い世代に受け継がれることを願い、生命科学とその関連領域科学の諸分野において顕著な業績を挙げた女性を顕彰することを目的とする。