たかはし様

お書きになっているように、植物では光合成反応だけではなく呼吸も行われております。
「樹木が１日の間に放出する酸素量と二酸化炭素量の差」についてですが、この差は一日の総光合成量と総呼吸量との差であると言えます。
この差がプラスのときには、稼いだ分は樹木の成長に使われます。
ですから、新しい葉を出したり、枝を延ばしている木では、光合成量と呼吸量の差は相殺されず、プラスであると見なすことができます。
ただ、乾燥や低温、病気などのストレスを受けている場合には、光合成量と呼吸量の差は相殺されたり、マイナスになる場合もあります。

お近くの神社にある常緑広葉樹はどのような樹種かはわかりませんが、大隅半島の照葉樹林での測定例では１年の呼吸量／１年の総光合成量の比は72％程度でした。
（参考　群落の機能と生産　岩城英夫編　p. 251　朝倉書店）

以上でご質問の回答になっているでしょうか？
また何か疑問点などございましたら、ご質問ください。