果樹農家　さん：

みんなの広場 質問コーナーのご利用ありがとうございます。
菌根菌は外生菌根菌、内生菌根菌に分けられたくさんの種類があります。このご質問で問題とされているのは宿主特異性が比較的低く、共生関係を保つVesicular-Arbuscular 菌（VA菌といわれています）のことだと思います。VA菌は内生菌の一種で宿主細胞内に樹状（Arbuscular）と嚢状（Vesicular）の構造をつくる菌類（カビの仲間）を指す総称です。生存に不利な条件に置かれれば胞子を形成しますので宿主植物の活動が低下する冬期には胞子が形成されます。そのため、すでに感染している植物では光合成が盛んになる季節になれば胞子が発芽して菌根を形成します。
VA菌は珍しい菌ではありませんので果樹などでは自然感染しているはずで、土壌条件が菌根形成に適したものであれば繰り返し菌接種をする必要はないはずです。むしろ菌根形成に良好な土壌条件（農薬使用や施肥条件を含め）をつくることの方が重要ではないかと思います。