むらじ　様

ご質問をありがとうございました。
(1) スイカの果肉の色はカロチノイド（またはカロテノイド）と総称される色素に由来します。スイカに含まれるカロチノイドには、リコピン、ベーターカロチン、キサントフィル（類）などがあり、それぞれは幾分異なった色をしています。例えば、キサントフィルは黄色い色をしています。
ところで、上に述べたカロチノイドは一連の代謝系で合成されますので、その合成経路に関係する酵素の働きの違いなどによって、品種による色素組成の差異が生じます。その結果、赤いスイカや黄色いスイカなどの品種が生まれる訳です。
スイカの品種によって、当然、化学成分に差がありますが、その程度はあまり大きなものではないように思います（これは、大まかな話です）。カロチノイドの組成の差は、もしかしたら、食べる側にとって問題かも知れません。
(2) については、本コーナーでお答えできる範囲を越えております。ご自分の感性のままで良いのではないでしょうか。