質問受け取りました。
簡単にお答えすると、クロロフィル蛍光を測定すれば、光合成系の異常をみつけることができます。方法の詳細は、東京大学の園池先生のホームページを御覧ください。
http://www.biol.s.u-tokyo.ac.jp/users/sonoike/keikou.htm

これ以外に、CO2固定量や光合成的酸素発生量を計る、生化学的に酵素活性を計るなどがあります。もちろん、光合成量が低下してきますと、デンプンの蓄積量も低下すると考えられますが、どの程度の差を検出するかによって変わると思います。むしろ、生育の遅延などがまずみえてくるのではないでしょうか？

より詳しい説明をしてくれる回答者を探し、回答しますので、今しばらくお待ちください。