やませさま

お返事が遅くなって申し訳ありません。
一般的には、全く同じ個体と掛け合わせるのではなく、同じ遺伝子型を持った別の植物を反復親として使います。典型的には、一回親も反復親も確立された近交系を用います。たとえば、コシヒカリ品種の種を撒けば、どの植物もコシヒカリの性質を持ちますので、同じ植物を使う必要は無い訳です。
日本人に好まれるコシヒカリ品種に、ハバタキ品種の高収量に関与する遺伝子座を導入した例について、名古屋大学の松岡信先生が講演されています。植物生理学会のホームページに詳しい講演記録がありますので、是非ご覧ください（http://www.jspp.org/17hiroba/ippan/shimin2007/nagoya/index.html#nagoya_02）。この例では、ハバタキが一回親、コシヒカリが反復親にあたります。ほとんどすべての遺伝子がコシヒカリ由来で、収量に関与する遺伝子を含む少数の遺伝子だけハバタキ由来という理想的なイネが作られたのです。