はっぱ　様

質問をお寄せ下さりありがとうございます。
心配されるのは当然だと思います。原理的には、そのようなことが起きないようにするためには、測定光の強度を低くした分光光度計を使うと良いでしょう（このことは分光光度計の感度や測定時間に関係することですが）。実際には、分光光度計の測定光の強度は相当に低いものになっております。

最初にPfrとPrのスペクトル（差）を測定したバトラー（Butler）さん達の論文を見ると、75ワットのプロジェクターランプからの光に適当なフィルターをかませ、600－700nmの光を“red”、700nm以上の波長の光を“far-red”としたようです。
フィトクロムの光変換に必要な光の強度と、分光測定に使われる光の強度の比較と言う視点で考えてみて下さい。