Y.O. 様
質問コーナーへようこそ。歓迎いたします。しかし、大学生ということですが、この実験は個人的趣味でやっておられるのか、それとも大学での教科実験の一部あるいは自由実験のようなものでしょうか。もし大学でやっておられるなら、指導の先生がおられるはずですから、直接アドバイスを受けるか、適当な参考文献などを教えて頂けるはずです。質問からは、水耕の条件（水耕液の組成、液の交換の頻度、エアレーション，温度、光条件など）、根の褐変がどの品種にも同様に起こるのかなどが分かりませんが、ここではごく一般論をお答えしておきます。植物の組織は一般に傷などの障害を受けるようなことがあると褐色になります。これはポリフェノールオキシダーゼの作用によるものです。詳しいことは書きませんので、質問コーナーで「褐変」の単語で検索してみて下さい。特に登録番号2841が参考になるでしょう。水耕装置にどのくらいの密度で育てているのかしりませんが、もし水耕液がそのままであれば、酸欠による障害とか、根から分泌される老廃物の影響等が考えられます。褐変した根の生育が悪いのは当然のことです。進行すれば根は死ぬでしょう。