key さま

ご質問ありがとうございます。
桜が持つ色素は赤いアントシアニン系色素で、花弁だけじゃなくて樹皮や木部（材）などにも含まれているようです。そのため、桜の樹皮や若い枝を利用した染物「桜染め」が行われているわけです。ということで、keyさんが「枝を見ると、桜色が透けて見えるような気がする」の気のせいではないのだろうと思います。
なお、当コーナー登録番号1044に関連質問と回答がありますの参考にしてください。