Guuさん

質問者の疑問はもっともで、「根粒菌が固定した窒素（アンモニア態窒素）を供給し、それを根より吸収して材料にしてタンパク質を作る」をはじめとする理解は大筋で正しいです。この問題について生化学的にやや詳しく解説します。
根粒菌は窒素ガスを固定してアンモニアを合成しますが、これを、窒素化合物を必要としている地上部の器官に運ぶ必要があります。窒素栄養をもっとも必要とする器官は、成長期では成長点や葉で、結実期では種子です。高濃度のアンモニアは植物細胞にとって有害ですから、根ではアンモニアを毒性の無い低分子化合物に変換し、後者は導管の中を流れて地上部に運ばれ、地上部の細胞の細胞膜には、おそらくその化合物を選別して取り込むための輸送体があり、このようにして窒素栄養が必要な細胞に分配されると考えられます。質問者の指摘のように、タンパク質のような高分子の形で運ばれる割合は、たとえあったとしてもきわめて低いでしょう。
マメ科植物では、導管を運ばれる窒素化合物は、窒素(N)対炭素(C)の比率が高い低分子で、比較的高濃度で検出されるものとして次のようなものが知られています：グルタミン（H2NCOCH2CH2CH(NH2)COOH）やアスパラギン（H2NCOCH2CH(NH2)COOH）（注：グルタミン酸HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH、アスパラギン酸HOOCCH2CH(NH2)COOHと比較してください）、ウレイド類(注：分子中に尿素（ウレア）H2NCONH2の骨格を含む化合物で例えばウレイドプロピオン酸H2NCONHCH2CH2COOH)、アラントイン（C4H6N4O3）とその類縁化合物など。マメ科植物で輸送される窒素化合物の種類と濃度は、植物種、植物の生育時期、土壌や水分から得られる窒素化合物の量などにより変動することも報告されています。運ばれた窒素化合物は、前述のように、成長点、葉、種子などの細胞に取り込まれ、各種アミノ酸、タンパク質、ヌクレオチド(核酸など)、クロロフィルなどの合成に利用されます。