ららら君

質問コーナーへようこそ。歓迎いたします。植物の分類における階級についてはすでに理解されていると思いますのでここでは説明を省きますが、「種species)」より下位の二次ランクは亜種（ssp)、変種(var.)、品種(f.)の順に下がっていきます（本コーナー登録番号5064を参照してください）。
さて、ご質問についてですが、種名をどのような場合に使うかによって意味あいは異なると思います。ふつうは種名を挙げればある「種」をさします、特に亜種、変種などを指定したいときは、それを明示します。　
しかし、厳密に言えば、下位のランクに分類される種類があるときは、例えば、Setaria viridis [正式にはS. viridis (L) P.Beauv ]とだけ書いたら、それは広義のエノコログサを意味するので、ハマエノコログサ（S.viridis var..pachystachis （Fr. et Sav.) なのかムラサキエノコログサ（S.viridis f. purpurascens Maxim.）なのかわかりません。そこで、明確にするために、狭義の分類としてSetaria viridis var. virdis と書きます。
ということで、ある種名をあげたら、もし下位の種類があればそれも含まれることになります。ただ、その種名をあげている文脈によっては、狭義の意味をさしている事もあるでしょう。なお種の下位の種類だけを言い表したいときは、特別の言葉はありません。例えばエノコログサ（Setaria viridis）の下位に分類される種類とか言えばよいかと思います。