坂上　桂太さま

　日本植物生理学会のホームページにご興味をお持ちいただき有り難うございました。
　
　ご質問についてですが、ご存知のように水は純水状態でも、ある一定の割合で常にH+とOH-に解離しています（いわゆるpHの考え方です）。但し、プロトンは水溶液中では必ず水分子に付加してヒドロニウムイオン(H3O+)になっているとされています。酸あるいは塩基という対になるイオンが存在すれば、さらにその種類に応じて、存在するH+やOH-の濃度は増加します。通常、中性条件では、H+とOH-のいずれもが10^-7Mで存在しますが、プロトンポンプが輸送するプロトンはこの解離しているH+と理解することができます。
　実際、電子伝達系が作り出すエネルギーやATPの加水分解エネルギーでプロトンを運ぶことができることは、物理化学的にも計算することができます。
　植物には、ミトコンドリア以外に、葉緑体にもATP合成に機能するプロトンポンプが存在しますし、細胞膜や液胞膜には、ATPやPPiの加水分解エネルギーを利用してプロトンを運ぶことができるポンプも存在します。
　尚、酵素によって小さくできる活性化エネルギーは、反応の途中に必要とされるエネルギー障壁のことで、反応の初期状態と最終状態で決まる平衡条件を変えることができるわけではありません。