みぃさま

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くすんだ色というアサガオの花色ですが実際にどのようなものであるか、写真がありませんので、想像ですが、たとえば、團十郎のような、濁った色、あるいは、色が薄くて、にごったように見えるのでしょうか。

アサガオの花の色は、アントシアニンという色素によるものがほとんどで、それらは、花弁の細胞の中で生合成されます。
花の色は、アントシアニンの構造だけでなく、細胞の環境（pHや共存分子など）の違いによっても変わります。
そのため、なにがかわって花色が変わったのかは、詳細な分析が必要になります。

まず、どの構造のアントシアニンを作るかは、遺伝子に書き込まれておりそれに沿って、いろいろな酵素が働いてできあがります。
しかし、アサガオはその遺伝子の働きが、花弁ができつつある時にも変化したり経路が変わったりすることが往々にあります。
トランスポゾンと呼ばれる「動く遺伝子」によるものです。

細胞の環境も同様に遺伝子に書かれていますが、それも、環境などによって変化することがあります。
たとえば、pHが変化することで、アントシアニンの色は変わりますから、花弁細胞のpHが変わっている可能性もあります。
あるいは、アントシアニンの量が少ないと、色がかわる場合もあります。

いずれにせよ、同じ色が咲き続けること、恒常性を保つことは、生き物の基本ではありますが、花の場合はかなり流動的な面があるのではないかとも思います。

みんなのひろばのページの右上、植物 Q&A 検索で「あさがおの花色」をキーワードに検索いただくと、たくさん出てきます。
それらも参考にしてくださればありがたく思います。